От правильного формирования деревьев зависит их долговечность и урожайность. Формированием кроны достигают создания крепкого штамба (ствола) и хорошо развитых правильно расположенных вокруг ствола в пространстве и плотно связанных со стволом основных ветвей.
Формирование дерева начинается в питомнике и продолжается в саду. Имеются 3 основные системы формирования: а) мутовчато-ярусная (пятисучная), являющаяся основной формой для большинства пород и сортов в большей части районов ; при этой системе основные скелетные сучья располагают в 1—2 яруса по 3—5 сучьев в каждом; второй ярус ветвей закладывают в саду (на второй-третий год после посадки) из 3—4 ветвей на расстоянии 70—80 см от первого яруса, б) Разреженно-ярусная система, при которой двухлетки должны иметь 3 основные сильные боковые ветви (чаще всего выращенные из смежных почек), ещё 1 — 2 разреженно или смежно расположенные основные скелетные ветви, побег продолжения и несколько укороченных нескелетных веток. В последующие годы число основных ветвей в кроне увеличивают до 7—8, располагая их разреженно или ярусами по 2 ветки или отдельными ветками на расстоянии примерно от 15 до 35 см. При разреженно-ярусной, так же как и при мутовчато-ярусной, системе формирования плодовые деревья на сильно рослых подвоях имеют штамб высотой от 50 до 80 см, а на карликовых подвоях — 30—40 см. в). Кустовая система формирования с низким штамбом (15—25 см) широко распространена в более суровых в климатическом отношении северо-восточных районах (Урал, Сибирь, Дальний Восток).
При обрезке деревьев различают 2 способа: прореживание, когда ветвь вырезается целиком, и укорачивание, когда ветвь укорачивается. Способы и степень обрезки изменяются в зависимости от породы, сорта, возраста и состояния дерева. К деревьям пород и сортов, плодоносящих на длинных однолетних ветках, как, например, многие сорта вишни («владимирская) и другие), применяют гл. обр. лёгкое прореживание кроны (вырезку лишних, больных и слабых ветвей). Деревья же тех пород и сортов, у которых плодовые почки закладывания на коротких веточках (большинство сортов яблонь и груш), подвергают небольшому прореживанию и укорачиванию. Для деревьев, вступающих в пору плодоношения, обычно ограничиваются лёгким прореживанием ветвей, загущающих крону. Прореживать крону надо систематически, но не в больших размерах. При прореживании удаляют в первую очередь сухие, больные, поражённые, слаборазвитые, переплетающиеся и растущие внутрь кроны лишние ветви, а также волчки (натровые побеги), если их не оставляют для замещения выпавших ветвей. Сильно загущённые, запущенные кроны прореживают не сразу, а постепенно, в течение 2—3 лет: при постепенной обрезке дерево меньше страдает. У более старых деревьев, а также и у молодых, повреждённых морозами и прекративших прирост, вместе с прореживанием кроны укорачивают концы скелетных и полускелетных ветвей, удаляя ветви толщиной до 1 см. К старым и повреждённым деревьям, у которых совсем прекратился прирост, началось усыхание концов скелетных ветвей и появились волчки внутри кроны, применяют более сильное укорачивание — омолаживание. При омолаживании все старые ветви укорачивают примерно наполовину и даже на две трети, но так, чтобы срез приходился над боковой, удобно расположенной веткой или волчком.